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Desarrollan software para reconstruir genomas complejos como el de la caña de azúcar

Investigadores brasileños desarrollan un programa para computadoras de alto rendimiento para mapear porciones específicas de ADN de plantas de manera más rápida y menos costosa, con el objetivo de usarlas en el mejoramiento de variedades más productivas y resistentes al estrés (Foto: Léo Ramos Chaves/Pesquisa, revista FAPESP)

La caña de azúcar que se cultiva hoy en día es un híbrido de dos especies: Saccharum officinarumla caña de azúcar original domesticada en la India hace 3.000 años, y S. spontaneum. El genoma de la caña de azúcar que se completó hace unos meses contiene 10 mil millones de pares de bases en 100-130 cromosomas, tres veces el tamaño del genoma humano.

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El genoma de la caña de azúcar se ha convertido en un gigante que ha empujado a un equipo brasileño de la Universidad de Campinas (IB-UNICAMP) a desarrollar un software que permita reconstruir genomas complejos como el de este cultivo. El equipo ha desarrollado PGA (Polyploid Gene Assembler), un sistema que se centra en pequeñas porciones del genoma que corresponden a aproximadamente el 1%-2%, exactamente donde se encuentran los genes de interés.

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Los investigadores identificaron un total de 39,234 genes, 60.4% de los cuales se agruparon en familias conocidas de genes de gramíneas. Este sistema sería mucho menos costoso que el actual y requeriría menos tiempo. Está diseñado para mapear partes específicas de los genomas de las plantas poliploides.

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Según Marcelo Falsarella Carazzolle, coordinador de bioinformática en el Laboratorio de Genómica y Bioenergía del Instituto de Biología de la IB-UNICAMP, “hemos detectado por primera vez las bases moleculares de ciertas características significativas de S. spontaneum, como la alta productividad y la resistencia al estrés biótico y abiótico. Estos resultados se pueden usar en futuros estudios funcionales y genéticos.”

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