Un equipo internacional de investigadores ha secuenciado las dos especies parentales salvajes de la petunia doméstica. El estudio revela una complicada historia genética, habiendo sido sometida a una triplicación completa del genoma compartido con todas las solanáceas. Además, el estudio identifica una porción del genoma especialmente dinámica que contiene genes encargados del color y el aroma.
Aparte de su uso en horticultura, la petunia también se utiliza para estudiar los elementos de transposición, y sirve como sistema modelo para estudiar el desarrollo de la flor, la producción de olor, y las interacciones con los polinizadores. Las petunias domésticas (Petunia H) son un híbrido de dos especies silvestres: una con una pequeña flor púrpura llamada Petunia Inflata y otra con una flor blanca grande llamada Petunia Axillaris.
A través de la cría intensa durante los últimos 200 años, la gente ha creado variedades de petunias con flores de tantos colores como tiene el acroíris. Los investigadores esperaban que la petunia del jardín hubiera recibido alrededor de la mitad de sus genes de cada progenitor, pero vieron que el genoma de la planta híbrida era alrededor del 80 por ciento de petunia blanco y sólo el 10 por ciento de la petunia púrpura. El 10 por ciento restante de los genes son un mosaico de trozos de secuencias de cada ancestro mezclados entre sí.